一、没有做到真正的全部成本核算

当前，经济效益在科室奖金分配中占有30%～50%的权重，是一项非常重要的考核内容。科室的绩效奖金按当月的科室收支金额结余乘以相应的系数，计算，然而事实上，科室的成本在一定程度上具有很大的弹性，在奖金的分配方案制定过程中，各个科室的奖金水平由前几年科室平均奖金水平经过适当的调控，再根据绝大部分科室奖金水平来确定静静的分配系数和手指的结余水平。这也就意味着科室的成本在实际上由奖金分配的需要来人为调控。比如管理费用能够作为一种调控的重要手段，其中，分摊的比例和数额根据实际的需要来进行确定。这就造成科室的成本项目小于科室的实际数额。因此，在在医院绩效成本核算中反映的科室成本不能够真实的反应科室的真实成本，医院的管理者难以掌握科室真正的经济运行水平。

二、无法圆满解决成本核算中的收入分配问题

如何确定科室收入分配的方法相对医院绩效成本核算的支出内容还有一定的难度。医院所有方面业务的收入，其中包括来自临床科室的医技科室及麻醉科室收入。在这一方面，牵扯到是否重复计算和如何来确定具体分成比例等方面的问题。

一般来说，医院的收入由临床科室和医技科室两者分成，但是很难把握好具体分成的比例。另一个难度相对的问题是临床科室和麻醉科室手术总共收入的具体分配问题。因为，麻醉师和外科医师，手术护士之间属于协同劳动，而且手术难度不尽相同，所以，各方在手术收入具体分成的分配上很难形成统一的意见。虽然可以将手术收入进行双重计算，但是这样一来，就出现了科室的收入总金额和财务报表的医疗收入不相同的问题，绝不能因为人为增加收入，影响严肃性的财务数据。

三、绩效成本核算数据和财务报表上的数据存在一致性和可比性问题

因为目前绝大多数医院绩效成本核算还处于手工操作的阶段。从事专门绩效成本核算的人手相对有限，加上医院一些人员绩效成本核算的基础不太扎实，科室的成本资料不够完整，统计的成本数据不全，以及一些大医院的业务量比较大，科室数目较多，各种情况复杂，绩效成本核算的时间紧迫，任务又重，造成核算人员的心有余力不足现象。